流动注射分析仪的原理是先将液体样品注入到非间隔连续载流由适当液体构成中注入的样品形成一个带，被传送到检测器。检测器连续地记录由于样品通过流通池而引起吸光度、电极电位或其他物理量的变化。当流体在流动注射分析仪通道中运动时进行着复杂的物理与化学过程。
由于试样溶液在严格控制的条件下在试剂载流中分散，因而，只要试样溶液注射方法、在管道中存留时间、温度和分散过程等条件相同，在非反应平衡状态下就可以按照标准对比法测定试样溶液中被测物质的浓度。这是流动注射区别于其它分析方法的一个明显的特征，也是能获得较高分析速度的原因。
流动注射分析仪使用方法：
1、开机
将电脑、网络路由器和仪器检测通道电源开启，待电脑操作界面开启后，双击软件快捷方式或软件文件夹主程序文件，软件开启后，查看所要使用对应方法仪器通道在软件通道显示状态栏中的对应编号是否有颜色显示，若正常，点击对应编号，进入使用界面。
2、试剂配制
不同检测通道请参阅各自的试剂配制及故障排查部分操作规程，注意试剂溶液使用前都需要进行10～15分钟脱气处理。
3、管路冲洗
开始样品检测之前，需要将进样针及试剂毛细管放入对应试剂瓶中，将泵管卡好，蠕动泵压块放下并扣紧(需要注意定期更换泵管的使用位置，若长时间使用泵管的某一段位置，容易造成泵管局部疲劳)，点击软件清洗功能键，保持默认转速35r/min，清洗时间300～600秒(5～10分钟)，清洗运行中应注意检查流通池内是否有气泡，清洗同时可以进行标准系列及样品设置，及样品放置。
